한국전쟁이 발발하면서 그의 만화 인생 또한 극적으로 바뀌어야만 했다. 이승만의 한강다리 폭파로 미처 피난하지 못한 김용환은 결국 인민군에 체포되고 만다. 남한에서 유명인사로 펼친 활약을 빌미로 그는 반동분자로 낙인찍힌다. 다행히 인민군 역시 만화의 정치적 활용 가능성을 인식하고 김용환의 능력을 선전도구로 활용하게 되면서 구사일생으로 살아남는다. 인민군 미술대에서 부역 활동을 하게 된 김용환은 이승만이 김일성의 구둣발에 채여 부산 앞바다에 코를 빠트리고 있는 대민 선전용 포스터를 그렸다고 한다. 몇 달 후에 상황은 또 다시 바뀌었다. 9월 28일에 서울이 수복되자 이번에는 인민군 부역 혐의로 수감된다. 다행히 만화가 김용환의 능력을 알아본 한 장교의 도움으로 간신히 목숨을 구하는 대신, 이번에는 김일성이 국군에 쫓겨 두만강에 빠져 허우적거리다 죽는 대민 선전용 포스터를 그리게 된다.
전쟁이라는 극한의 환경은 만화를 정치적 무기로 변화시켰다. 상대 진영의 취약한 고리를 파고들어 피아의 전투력을 약화시키고자 하는 이데올로기 선전활동이 만화를 매개로 치열하게 펼쳐졌던 것이다. 이 당시에 생산된 이미지들 가운데 압도적 비중을 차지하는 것이 바로 ‘삐라’다. 당시에 유통되던 ‘삐라’의 표현 방식은 거의 만화로 이루어져 있음을 알 수 있다. 정세를 단 몇 줄로 압축하든 과장을 하든 정서적 반응을 강력하게 환기시키든, 만화는 글을 읽을 수 있는 사람 / 읽을 수 없는 사람을 가리지 않고 가장 효과적으로 메시지를 전달할 수 있는 최적의 매체였던 것이다. 따라서 이 당시에 만화를 두고 펼쳐지는 이데올로기적 싸움은 또 다른 차원의 강력한 전쟁이었으며, 김용환 역시 자의든 타의든 이 소용돌이로부터 결코 자유로울 수 없었다. 전쟁이 끝나갈 무렵인 1952년 말에 김용환은 이러한 이데올로기적 싸움과는 대척점에 있는 듯이 보이는 어린이만화를 한국에서 처음으로 선보인다. 이데올로기적 선전의 일환으로 복무할 수밖에 없었던 만화로부터 탈피해 새로운 돌파구로 착안한 것이었을 성싶다.

코주부라는 캐릭터는 김용환을 대변하기도 한다. 유머러스하고 소탈한 이웃집 아저씨 같은 친근한 이미지의 캐릭터가 다름 아닌 김용환이었다는 진술은 당시 그를 아는 지인들에게서도 공통적으로 확인된다. 코주부를 닮은 캐릭터들이 펼쳐내는 김용환의 만화 세계는 그의 성격에도 가장 부합하는 듯이 보인다. 특히 어린이만화에서 코주부의 캐릭터는 가장 성공적으로 구현되어 있다. 우리나라 최초의 단행본 만화인 <홍길동의 모험>을 비롯해서 잡지 <학원>에 연재될 때부터 폭발적 반향을 불러일으킨 <코주부 삼국지> 등이 그 대표적인 예라 할 수 있다. 그는 코주부 캐릭터를 내세워 어린이만화라는 새로운 영역과 시장을 성공적으로 개척해냈다. 그리고 경제적으로도 성공하는 듯했다.
하지만 어린이만화의 성공은 예기치 않은 부작용을 낳았다. 어린이만화책이 돈이 될 수 있다는 사실을 입증한 것이다. 너나 할 것 없이 어린이만화책을 쏟아내는 바람에 시장은 혼탁해지고 질은 떨어지기 시작했다. 결정적으로는 독점적인 유통업체가 뛰어들어 만화가 더 이상 서점이 아닌, 만화방이라는 기형적인 유통체계를 통해 유통되는 현상이었다. 만화가에게나 만화출판가에게 치명적인 타격을 입힌 만화방 유통체계는 이후 한국만화의 성장을 가로막는 장애물로 작용하게 된다.
또한 일본이나 유럽에서 만화가 성인들의 독서의 일환으로 정착되는 것과 달리, 만화를 어린애들의 오락쯤으로 여기는 편견도 이때부터 생긴다. 질 낮은 어린이만화의 범람과 만화방 유통체계는 만화에 대한 사회적 인식을 부정적으로 만드는 데 결정적인 역할을 하고 만다. 만화를 둘러싼 혼탁한 상황에 직면하여 김용환은 해방공간과 1950년대에 걸쳐 열정적으로 펼친 만화인생을 정리하고 다시 일본으로 향한다.